Έλεγχος σωματικών μεταλλαγών (SNVs, indels), διακύμανσης αριθμού αντιγράφων (CNVs) και σύντηξης γονιδίων (fusions) με NGS σε γονίδια σχετιζόμενα με καρκίνο (Oncomine Assay)

Γενικές πληροφορίες

Ο καρκίνος είναι μια ασθένεια η οποία χαρακτηρίζεται από αστάθεια του γονιδιώματος και συσσώρευση σωματικών μεταλλαγών. Κάποιες από αυτές τις σωματικές μεταλλαγές, γνωστές ως  μεταλλάξεις «οδηγοί» (driver mutations) επάγουν την ανάπτυξη του καρκίνου. Η ταυτοποίηση των μεταλλάξεων αυτών σε έναν όγκο διευκολύνει την ανάπτυξη στοχευμένων θεραπειών που κατευθύνονται έναντι των ειδικών μοριακών αλλαγών που οδηγούν στον καρκίνο.

Οι νέες τεχνολογίες, συμπεριλαμβανομένης της Αληλλούχησης Νέας Γενιάς (NGS), οδήγησαν στην ταυτοποίηση εκατοντάδων σωματικά μεταλλαγμένων γονιδίων. Αυτή η πρόοδος της τεχνολογίας έχει πλέον αλλάξει τη ρουτίνα της έρευνας στη μοριακή παθολογία από ελέγχους μεμονωμένων γονιδίων σε πολυπλεκτικές αναλύσεις με NGS. Η εφαρμογή του NGS χρησιμοποιείται για την ταυτοποίηση όλων των σχετικών στόχων, συμπεριλαμβανομένων των σημειακών μεταλλάξεων (SNVs), μικρών ελλείψεων/εισδοχών (indels), διακύμανσης αριθμού αντιγράφων (CNVs) και σύντηξης γονιδίων (fusions).

To Ion Torrent™ Oncomine™ Focus Assay, προϊόν της ThermoFisher Scientific, βασίζεται στη μεθοδολογία NGS και ανιχνεύει μεταλλαγές σε 52 γονίδια-κλειδιά των σωματικών καρκίνων. Τα γονίδια αυτά είναι καλά χαρακτηρισμένα στην διεθνή βιβλιογραφία και σχετίζονται με ογκολογικά φάρμακα τα οποία είναι εγκεκριμένα από τον FDA. Η δοκιμασία αυτή επιτρέπει την ταυτόχρονη ανάλυση DNA και RNA για την ανίχνευση πολλαπλών τύπων μεταλλαγών, συμπεριλαμβανομένων hotspot μεταλλάξεων, SNVs, indels, CNVs και fusions γονιδίων.

Μέθοδος

Πραγματοποιείται απομόνωση DNA και RNA από τον καρκινικό ιστό και ακολουθεί εκλεκτικός πολλαπλασιασμός με PCR με τη χρήση του προϊόντος Ion Torrent™ Oncomine™ Focus Assay και Αλληλούχηση Νέας Γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS) στην πλατφόρμα NGS ThermoFisher S5.

Είδος δείγματος

Νωπός καρκινικός ιστός ή μονιμοποιημένος σε παραφίνη.