Ανάλυση αιματολογικών κακοηθειών με NGS (Oncomine Myeloid Assay)

Γενικές πληροφορίες

Οι μυελογενείς νεοπλασίες, όπως είναι η Οξεία Μυελογενής Λευχαιμία, τα Μυελοδυσπλαστικά Σύνδρομα και τα Μυελοϋπερπλαστικά Νοσήματα είναι μια κατηγορία αιματολογικών κακοηθειών στις οποίες απαιτείται ανάλυση πολλαπλών γονιδίων για την ανίχνευση μεταλλάξεων που έχουν σημαντικό ρόλο στην πρόγνωση και τη θεραπευτική προσέγγιση τους. Τα πάνελ γονιδίων NGS μπορούν να εφαρμοστούν για την πλήρη ανάλυση γενετικών μεταλλάξεων με μία ενιαία προσέγγιση. Οι μεταλλάξεις αυτές μπορεί να είναι σημειακές μεταλλάξεις (SNVs) και μικρές ελλείψεις/εισδοχές (indels), ενώ κάποια πάνελ γονιδίων που σχετίζονται με μυελογενείς νεοπλασίες περιλαμβάνουν επίσης και έλεγχο διακύμανσης αριθμού αντιγράφων (CNVs) και μετατοπίσεις (translocations). Αυτές οι τεχνολογίες εφαρμόζονται ευρέως επί του παρόντος για τον χαρακτηρισμό μεταλλάξεων στις αιματολογικές κακοήθειες και χρησιμοποιούνται για διαγνωστικούς σκοπούς εναλλακτικά των συμβατικών μεθόδων.

Το Ion Torrent™ Oncomine™ Myeloid Research Assay είναι προϊόν της ThermoFisher Scientific, το οποίο περιλαμβάνει δύο ξεχωριστά πάνελ (DNA και RNA) σχεδιασμένα για την ανάλυση 40 DNA γονιδίων – στόχων (23 hotspots και 17 πλήρη) και ένα ευρύ πάνελ σύντηξης και μεταγραφής γονιδίων που καλύπτει ανακατατάξεις που περιλαμβάνουν 29 γονίδια «οδηγούς». Συνδυαζόμενα, τα δύο αυτά πάνελ μπορούν να αναγνωρίσουν τις γενετικές μεταλλάξεις που σχετίζονται με τις μυελογενείς νεοπλασίες καθώς και μελλοντικούς στόχους για προσωποποιημένη θεραπευτική προσέγγιση.

Μέθοδος

Πραγματοποιείται απομόνωση DNA και RNA από το δείγμα και ακολουθεί εκλεκτικός πολλαπλασιασμός με PCR με τη χρήση του προϊόντος Ion Torrent™ Oncomine™ Myeloid Research Assay και Αλληλούχηση Νέας Γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS) στην πλατφόρμα NGS ThermoFisher S5.

Είδος δείγματος

Περιφερικό αίμα ή μυελός σε EDTA