Ανίχνευση εντερικού μικροβιώματος (microbiome)

Γενικές πληροφορίες

Το ανθρώπινο μικροβίωμα είναι το σύνολο των μικροοργανισμών που υπάρχουν στον οργανισμό, η γενετική πληροφορία που φέρουν καθώς και το περιβάλλον στο οποίο αλληλεπιδρούν. Η πρόοδος της βιοτεχνολογίας οδήγησε στη χρησιμοποίηση της μεθόδου ταξινόμησης των μικροβίων βάσει της αλληλουχίας του 16S rRNA γονιδίου, η οποία επέτρεψε λεπτομερή περιγραφή της σύνθεσης των μικροχλωρίδων και ιδιαίτερα εκείνης του εντέρου.

Πιο πρόσφατα, η ανάπτυξη ταχύτερων και πιο εξελιγμένων μεθόδων προσδιορισμού της αλληλουχίας του DNA, όπως είναι η Αλληλούχηση Νέας Γενιάς και η επεξεργασία του πλήθους των δεδομένων με προγράμματα βιοπληροφορικής έχει επιτρέψει τη μελέτη των μικροβιακών πληθυσμών κατευθείαν από το περιβάλλον τους, χωρίς την ανάγκη καλλιέργειας και απομόνωσης. Η μεταγονιδιωματική αυτή ανάλυση αποτελεί νέο και αποτελεσματικό εργαλείο για την ανάλυση των μικροβιακών πληθυσμών και παρέχει πληροφορίες για τη νουκλεοτιδική αλληλουχία των γονιδίων από το σύνολο του γονιδιώματος της μικροχλωρίδας. Έχει αποδειχτεί πλέον από την παγκόσμια βιβλιογραφία, ότι η σύνθεση του μικροβιώματος επηρεάζει την εμφάνιση, την πορεία, αλλά και την έκβαση μιας πληθώρας νοσημάτων.

Μέθοδος

Πραγματοποιείται απομόνωση DNA από δείγμα κοπράνων. Με την εφαρμογή της μεθόδου της Αλληλούχησης Νέας Γενιάς  (Next Generation Sequencing, NGS), γίνεται αλληλούχηση σε 7 υπερμεταβλητές περιοχές (V2, V3, V4, V6, V7, V8 και V9) του βακτηριακού 16S ριβοσωμικού RNA (rRNA) γονιδίου. Οι προκύπτουσες γενετικές αλληλουχίες αναλύονται μέσω ενός προηγμένου συστήματος βιοπληροφορικής ανάλυσης.

Είδος δείγματος

Κόπρανα