Μοριακή ανίχνευση μεταλλαγών κυστικής ίνωσης (CF, Cystic Fibrosis)

Γενικές πληροφορίες

Η κυστική ίνωση (Cystic Fibrosis) θεωρείται παγκοσμίως ως η πιο διαδεδομένη κληρονομική νόσος στη λευκή φυλή. Στην Ελλάδα η συγκεκριμένη νόσος είναι η δεύτερη σε συχνότητα φορέων μετά τη Μεσογειακή αναιμία. Οι φορείς της νόσου υπολογίζονται περίπου στο 4% του ελληνικού πληθυσμού. Η νόσος κληρονομείται με τον αυτοσωμικό υπολειπόμενο χαρακτήρα. Αυτό σημαίνει ότι ένα ζευγάρι φορέων έχει σε κάθε κύηση 25% πιθανότητα απόκτησης παιδιού πάσχοντος από κυστική ίνωση.

Πρόκειται για μία πολυσυστηματική νόσο, τα συμπτώματα της οποίας περιλαμβάνουν χρόνιες λοιμώξεις του αναπνευστικού συστήματος, αδυναμία έκκρισης παγκρεατικών ενζύμων καθώς και συμπτώματα που αφορούν το πεπτικό-γαστρεντερικό και το αναπαραγωγικό σύστημα (υπογονιμότητα).

Η κυστική ίνωση οφείλεται σε περισσότερες από 2000 μεταλλάξεις που εντοπίζονται στο γονίδιο CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Regulator). Ο μεγάλος αριθμός των μεταλλάξεων αντανακλά και την μεγάλη ποικιλομορφία των κλινικών εκδηλώσεων. Η συχνότητα και το είδος των μεταλλάξεων ποικίλουν ανάμεσα στους διάφορους πληθυσμούς.

Μέθοδος

Πραγματοποιείται απομόνωση ολικού γενωμικού DNA και στη συνέχεια μπορούν να πραγματοποιηθούν 5 διαφορετικές αναλύσεις:

Ανίχνευση της μετάλλαξης ΔF508 που εμφανίζεται στο ~50% των πασχόντων. Ενισχύεται εκλεκτικά η περιοχή του γονιδίου CFTR όπου βρίσκεται η μετάλλαξη ΔF508 και πραγματοποιείται ανάλυση του τμήματος με φθορισμό (fragment analysis) σε αυτόματο γενετικό αναλυτή.
Ανίχνευση του 75% των μεταλλάξεων στον Ελληνικό πληθυσμό. Ενισχύονται επιλεκτικά οι περιοχές του γονιδίου CFTR όπου ανιχνεύονται οι μεταλλάξεις CFTRdele2,3, E60X, P67L, G85E, 394delTT, 444delA, R117C, R117H, Y122X, 621+1G>T, 711+1G>T, L206W, 1078delT, R334W, R347P, R347H, A455E, I507del, F508del, 1677delTA, V520F, 1717-1G>A, G542X, S549R(T>G), S549N, G551D, R553X, R560T, 1811+1.6kbA>G, 1898+1G>A, 2143delT, 2184delA, 2347delG, W846X, 2789+5G>A, Q890X, 3120+1G>A, 3272-26A>G, R1066C, Y1092X(C>A), M1101K, D1152H, R1158X, R1162X, 3659delC, 3849+10kbC>T, S1251N, 3905insT, W1282X, N1303K, Ε822Χ. Τα προϊόντα της αντίδρασης αναλύονται με φθορισμό σε γενετικό αναλυτή (fragment analysis) ή με αλληλούχηση κατά Sanger. Η μέθοδος εξαρτάται από την μετάλλαξη.
Ανίχνευση του 85% των μεταλλάξεων στον Ελληνικό πληθυσμό. Πραγματοποιείται αλληλούχηση με Next Generation Sequencing της κωδικοποιούσας περιοχής των εξωνίων 3, 4, 8, 11, 12, 14, 16, 20, 22, 23, 24 και των περιοχών ματίσματός τους με την τεχνολογία ION Ampliseq^TM.
Ανίχνευση >95% των μεταλλάξεων στον Ελληνικό πληθυσμό. Πραγματοποιείται αλληλούχηση με Next Generation Sequencing ολόκληρης της κωδικοποιούσας περιοχής του γονιδίου CFTR (27 εξώνια), των περιοχών ματίσματος εσωνίων-εξωνίων (5-20bp), των μη μεταφραζόμενων περιοχών (UTRs) και σημαντικών εσωνικών περιοχών με την τεχνολογία ION Ampliseq^TM.
Ανίχνευση ελλείψεων και διπλασιασμών. Πραγματοποιείται ανάλυση για παρουσία ελλείψεων ή διπλασιασμών στα 27 εξώνια του γονιδίου CFTR με τη μέθοδο Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA).

Είδος δείγματος

Περιφερικό αίμα σε EDTA, χοριονικές λάχνες, αμνιακό υγρό